无尘车间需要做到日常的消毒，才能保持其洁净度。每天生产结束后，用75%乙醇或2‰新洁尔灭溶液擦拭机台、桌面、门窗、墙壁等。每3天生产结束后，用75%乙醇或2‰新洁尔灭溶液对洁净室内所有设施表面及顶棚、照明等表面进行擦拭消毒， 3%～5%的来苏儿对地面进行消毒，目的是杀死因生产过程中产生的细菌繁殖体，控制洁净室内微生物含量。
这些措施仅能控制洁净室内空气中的细菌量及杂菌种类，如果霉菌较多，就要先用5%石碳酸全面喷洒室内，然后用甲醛熏蒸才能达到无菌效果，而且只有这样才能杀死细菌、杂菌芽孢。每个生产周期结束，下个周期生产前对有无菌要求的洁净室先进行消毒液消毒，检测洁净室内尘埃粒子数符合规定后，再对洁净室内进行甲醛气体熏蒸，从长期检测的结果来看，这种环境灭菌方法效果很好。
无尘车间即洁净厂房，又叫洁净室，洁净室一般包括工业洁净室和生物洁净室，工业洁净室，特别是电子工业洁净室排放的废主要成份有：一般废气、热废气、有机废气、酸碱废气、含磷等特殊废气、含粉尘的废气等，不同行业、不同产品、其排放的废气的成份不同，但一定处理达到国家排放标准后方能排到室外。
1、一般生活用房、值班室、卫生间排出的一般废气可直接排到室外。
2、排放的有机废气超标时必须经过有机废气处理设备处理达标后再排放有机废气，处理方法有活性炭吸附法、液体吸收法等。
3、如含酸碱废气在生产工艺中排放的较多，都是经过淋液湿式洗气吸收塔进行中和处理达标排放。
4、排放的热废气一般情况下可直接排放，如果温度较高必须采取隔热措施以免伤人。
5、含尘废气必须经过适当的除尘装置除尘后再排至大气中。
6、含磷、含砷等特殊废气首先防止在排气系统中产生化学反应并通过专用的废气处理设备处理后达标排放。一般处理方法有稀释法、吸收法、吸附法、催化燃烧法等等。
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